Câu chuyện bắt đầu vào mùa đông năm 2028, khi Thành phố Cảng Mới đang chìm trong những dấu hiệu tái thiết sau cuộc chiến tranh. Căng thẳng leo thang khi các cuộc biểu tình liên quan đến lợi ích của các tập đoàn nước ngoài bùng lên, dẫn đến một vụ nổ súng giữa cảnh sát và người biểu tình chống bạo động. Trong bối cảnh hỗn loạn, tên khủng bố Fire Starter đã tung ra một đợt lây nhiễm cyberbrain, khiến cho Thành phố Cảng Mới rơi vào tình trạng hỗn loạn khôn lường. Makoto Kusanagi, chỉ huy của một đơn vị tấn công độc lập, đứng lên để trấn áp tình hình và đề ra công lý cho những hồn ma của mình. Nhưng bí ẩn hơn cả là sự xuất hiện của cô bé thiếc Emma và gã bù nhìn Burinda Junior. Kusanagi, trong quá trình giải quyết vụ việc, không ngờ rằng cô đang tiến gần đến những bí mật đen tối mà hai hồn ma đang tìm kiếm.
