Trong bối cảnh thành phố Zion đang chuẩn bị trận đánh sinh tử để đối phó với cuộc tấn công của đội quân cỗ máy, Neo đang đối diện với thử thách khó khăn khi bị mắc kẹt ở giữa ranh giới mong manh giữa "thế giới thực" và ma trận đầy nguy hiểm. Trái ngược với Neo, đặc vụ Smith đang smút một kế hoạch tinh vi để đánh bại cả hai thế lực máy móc và con người một cách hoàn toàn độc lập.