Cuộc đấu tranh giữa hai người hùng huyền thoại Rurouni Kenshin và Shishio Makoto đã đạt đến đỉnh điểm khốc liệt. Shishio, với ý định lật đổ chính quyền Minh Trị và đưa Nhật Bản vào một thời kỳ hỗn loạn, đã dẫn đội quân chiến hạm của mình tiến về phía Tokyo. Kenshin phải đối mặt với hàng ngàn thử thách đáng sợ, từ hỏa kiếm hủy diệt của Shishio đến những tay vũ công tài ba dưới trướng hắn. Để đánh bại Shishio và ngăn chặn âm mưu của hắn, Kenshin không thể tránh khỏi việc phải tìm đến sư phụ của mình để học lấy tuyệt kỹ cuối cùng của môn phái Phi Thiên Ngự Kiếm...
