Sau khi thoát khỏi Unit-01, Shinji tỉnh dậy và nhận ra mình đã trở thành nghi phạm trong mắt mọi người. Thế giới xung quanh dường như đã thay đổi hoàn toàn và những người từng thân quen giờ đây trở nên xa lạ và đối diện với cậu như với một kẻ phạm tội. Với sự hiểu biết rõ hơn về tình hình, Shinji quyết định tìm câu trả lời cho những bí ẩn đằng sau Chấn Động Thứ Ba và cố gắng đảm bảo rằng Rei cũng đã được cứu thoát. Tuy nhiên, mọi thứ trở nên phức tạp hơn khi cậu bị cấm lái Eva và phát hiện rằng Trụ sở NERV không còn là nơi an toàn cho mình.