Sau sự kiện Zero Requiem, thế giới vẫn tiếp tục hưởng một giai đoạn hòa bình đồng thời đầy biến động. Nunnally vi Britannia và Zero đã bị bắt làm con tin bởi Shalio, lãnh đạo quân sự của Vương quốc Zilkhistan, dưới sự thao túng của Shamna. Trong khi đó, CC và Lelouch vi Britannia đang lang thang khắp nơi để tìm kiếm cánh cổng đến Thế giới C. Trên hành trình tìm kiếm, Lelouch khám phá ra bí mật về chính bản thân mình và sự thật đằng sau vỏ bọc của mình. Trong khi Nunnally cầu xin anh ở lại bên cạnh, Lelouch quyết định bước đi trên con đường riêng của mình, với tư cách là LL - một hình ảnh mới lạ và mạnh mẽ. Trái tim của Suzaku vẫn đập vì công lý, khi anh tiếp tục đóng vai trò Zero để bảo vệ hòa bình. Kallen, sau những sóng gió của quá khứ, gia nhập Hiệp sĩ Đen và sẵn sàng đối mặt với mọi thách thức. Với mỗi nhân vật có con đường riêng, câu chuyện của họ sẽ tiếp tục phát triển như thế nào, khi mà sứ mệnh mới đang chờ đợi họ ở phía trước?